Prvá písomná zmienka o Hornej Potôni sa datuje do roku 1255 ako Superior Potun, neskôr ako Felsew Pathon (1435). Je možné, že pôvodne nešlo o samostatnú obec, ale o časť potonskej zeme alebo predchodkyňu neskoršej obce Lőgér Patony. V prameňoch sa často strieda s pomenovaním Leuger Pathon (1524), Leger Paton (1553) a Lögör Patony (1773).

Horná Potôň v dnešnej podobe vznikla v roku 1940 spojením s Benkovou Potôň a v roku 1960 s Čečínskou Potôň (v rokoch 1940-1960 bola súčasťou obce Michal na Ostrove).

Lőgérska Potôň v 13. storočí patrila k majetku arpádovských kráľov a neskôr k ostrihomskému arcibiskupstvu a holickej arcibiskupskej stolici. Toto sa spomína aj v nariadení Ľudovíta II. adresovanom holickej stolici. V portálnom súpise z roku 1553 je uvedená ako kráľovský majetok.

V roku 1877 ničivý požiar zničil väčšinu domov s trstinovou strechou v obci. K Lőgérskej Potôni patrí aj samota Nagyhegymajor.

Benkova Potôň sa spomína v listine ostrihomského arcibiskupa Boleslava z roku 1323 pod názvom Benkeháza, pričom oslobodzuje tu žijúcich poddaných. Obec patrila k holickej arcibiskupskej stolici, čo potvrdzuje listina z roku 1466. V portálnom súpise z roku 1553 je uvedená ako kráľovský majetok patriaci bratislavskému hradu.

Čečínska Potôň, jedna zo sídiel na bývalej potonskej zemi (Patonyföld), sa spomína v listine z roku 1441 ako Czeczenpathon. Názov mohol mať slovanské súvislosti, ako uvádza J. Stanislav vo svojej práci Slovenský juh v stredoveku. V portálneho súpisu z roku 1553 je uvedená ako kráľovský majetok so šiestimi portami.

Na začiatku minulého storočia obec patrila Pálffyovcom a v súpise z roku 1828 mal Čečínska Potôň 35 domov a 279 obyvateľov.