KrasyTT.SK Pavel Jedlička, rodák z Kostolian, vo svojej knihe “Pamäti malokarpatské” z roku 1891 uvádza, že obec pôvodne niesla názov Sent Vít.
Presné dátum založenia Veľkých Kostoľan nie je možné určiť, ale je jasné, že osídlenie obce siaha veľmi ďaleko do minulosti. Potvrdzujú to rôzne archeologické nálezy a objavujúce sa vykopávky. Osídlenie z mladšej doby kamennej (neolitu) a neskoršej doby kamennej (neoliatu) 5000-2000 rokov pred n.l. svedčí o tom, že obec bola vždy viazaná na úrodnú poľnohospodársku pôdu, hojnosť vodných tokov a optimálnu geografickú polohu.
Veľké Kostoľany sú často spomínané v súvislosti s porážkou bratríkov v roku 1467. Bratríci, husitskí bojovníci, sa po porážke pri Lipanoch presídlili do iných krajín, vrátane Slovenska, kde ich rady dopĺňali slovenskí roľníci, zemania trpiaci chudobou a mestské nižšie vrstvy.
Písemné dokumenty o pôvodnej výstavbe kostola nexistujú, ale podľa uhorského historika Bonfína bol kostol postavený už v 15. storočí. Kanonická vizitácia z roku 1693 zaznamenáva stavebné práce pri kostole za farárstva Pavla Manigaiho, pravdepodobne sa ale jednalo o renováciu a prestavbu, kedy kostol získal polorománsky štýl a boli pridané bočné kaplnky. Pôvodná stavba kostola bola v gotickom štýle.
V roku 1945 sa obec Veľké Kostoľany spojila s obcou Zákostoľany a vytvorili tak jednu veľkú obec. Zákostoľany bola druhou dedinou, ktorá bola založená v podhradí. Ležala za kostolom, čo sa odráža aj v jej názve. Prvá písomná zmienka o Zákostoľanoch pochádza z roku 1457, kedy bola súčasťou nitrianskeho hradu a neskôr prešla do vlastníctva rodiny Andrássyovcov.