Prvé písomné zmienky o osade pod názvom „Villa Sancta Maria“ pochádzajú z roku 1238. Názov Zentmária, z ktorého pravdepodobne vznikol súčasný názov Šamorín, bol použitý v roku 1287. Symbol panny Márie sa často nachádza vo znakoch mesta, ako je erb, vlajka a pečiatka z roku 1405.
Mestský kostol bol postavený v 13. storočí, a preto sa predpokladá, že k nemu prislúchajúca škola už mohla existovať v nasledujúcom storočí, ešte predtým, ako to dokumentovali listiny z roku 1593. V neskorom 14. storočí sa Šamorín stal obchodným centrom Žitného ostrova, vďaka významnejmu príspevku miestnej remeselnej výroby. Šamorín poskytoval priemyselné tovary pre okolitý, hlavne poľnohospodársky, región. V roku 1411 kráľ Žigmund udelil mestu právo na usporiadanie dvoch týždenných jarmokov.
Prvé cechové združenie v Šamoríne, cech kožušníkov, bol založený v roku 1555. Postupne pribudli aj ďalšie cechy, ako krajčíri, hrnčiari, zámočníci, remenári, zlatníci, tkáči, nožiari, výrobcovia mydla a obchodníci s hovädzím dobytkom. Rybársky cech, založený v polovici 19. storočia, bol veľmi významný a mal svoj tradičný mosadzný kruhový erb a pečiatku so zobrazením sv. Petra.
V roku 1589 Šamorín stratil status slobodného kráľovského mesta
Rozvoj mesta v 16. storočí bol narušený tureckými inváziami. V roku 1589 Šamorín stratil status slobodného kráľovského mesta a transformoval sa na provinciálne mesto. Od 17. storočia sa však mesto oživilo a opäť sa stalo hospodárskym a obchodným centrom Horného Žitného ostrova.
Pokiaľ ide o sakrálne stavby, reformovaný kostol je štvorloďová románska stavba s polygonálnym záverom a vežou, ktorú založili pravdepodobne v prvej polovici 11. storočia. Rímskokatolícky kostol sv. Margity Antiochijskej je jednoloďová románska stavba z 13. storočia, ktorá už prestala plniť liturgické funkcie. Rímskokatolícky kostol Nanebovzatia Panny Márie s kláštorom paulánov je neskorobaroková stavba zo 18. storočia. Evanjelický kostol je klasicistická stavba z konca 18. storočia a dvojpodlažná synagóga v eklektickom štýle s orientálnymi prvkami je z roku 1912.
Medzi ďalšie významné stavby patrí radnica, renesančná stavba zo 17. storočia, a kaplnka sv. Anny, neogotická stavba z roku 1873.